Alimlər arasında neftin necə əmələ gəlməsi ilə bağlı hələ də vahid fikir yoxdur. Neftin mənşəyi ilə əlaqədar iki əsaslı şəkildə fərqlənən nəzəriyyə mövcuddur. Birinciyə — üzvi və ya biogen nəzəriyyəyə — əsasən, neft milyonlarla il ərzində dəniz dibində çökmüş və ya quru mühitində basdırılmış qədim orqanizm və bitki qalıqlarından yaranmışdır. Bu gün alimlərin əksəriyyəti neftin mənşəyini biogen nəzəriyyə ilə izah edir. Bununla belə, qeyri-üzvi nəzəriyyənin tərəfdarları da öz mövqelərini dəstəkləmək üçün bir sıra arqumentlər irəli sürürlər. Yer kürəsində və digər göy cisimlərində neftin mümkün qeyri-üzvi mənşəyi ilə bağlı müxtəlif fərziyyələr mövcuddur, lakin onların hamısı eyni faktlara əsaslanır.Birincisi, bir çox yataq - hamısı olmasa da - qırılma zonaları ilə əlaqəlidir. Qeyri-üzvi nəzəriyyənin tərəfdarları hesab edirlər ki, neft məhz bu qırılmalar vasitəsilə böyük dərinliklərdən Yer səthinə doğru yüksəlir. İkincisi, yataqlara təkcə çökmə süxurlarda deyil, həm də maqmatik və metamorfik süxurlarda rast gəlinir (baxmayaraq ki, onların orada olması miqrasiya nəticəsində də yarana bilər). Bundan əlavə, karbohidrogenlərə vulkanlar tərəfindən püskürdülən materiallarda da rast gəlinir. Nəhayət, qeyri-üzvi nəzəriyyənin lehinə olan üçüncü və ən tutarlı dəlil ondan ibarətdir ki, karbohidrogenlər təkcə Yer kürəsində deyil, həm də meteoritlərdə, komet quyruqlarında, digər planetlərin atmosferində və səpələnmiş kosmik maddələrdə mövcuddur.